—>关于对本科期间科研论文产出的小小思考
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众所周知，科研经历作为保研三驾马车中的重要一环，在研究生的复试过程中起到愈发重要的作用，尤其在当前如此“卷”的大环境中，拥有一个好看的科研经历会为复试增色不少。虽然目前930的本科生同学参与科研的热情在逐渐提高，但是绝大部分的同学仅仅只是有过参与经历，对于科研经历的重要证明——科研论文（第一/共一），产出量还是比较匮乏。对此，我想在此与大家分享我基于个人经验认为本科期间最佳的科研论文产出方式，即干湿结合。想法如下：
0、想法是针对产出一篇含金量较高的3分+的SCI论文~
1、Meta分析、综述等论文形式含金量并不如原创性科研（基础+临床）。
据了解，目前930的大部分科研论文的产出主要集中在Meta和综述上面，这样的研究上手较快、门槛较低、产出稳定，所以长久以来被作为首选方向。然而Meta分析属于二次文献，而综述属于三次文献，都不是原创性的Article，含金量相对较低，面对未来愈发严峻的竞争形式我认为做原创性的Article是会更加占优势的，能更好的训练科研思维。2、不建议一开始就想着做临床课题研究。
930的大部分同学都是医学五年制专业，前两年半的时间都是在学基础医学相关的内容，很难接触到医院里的老师。即使在大三下时学习临床相关的课程，可此时距离保研联系导师仅剩一年多的时间，并且还要面对繁多的临床课程，产出压力过大。此外，拥有临床课题的老师较少，且很难会给出课题给学生做。3、基础科研方向含金量高，但面临着较大的经济、实验、产出压力。
一般基础课题需要阐释一个较为创新的机制，阐释过程中有较为深入的论证逻辑，主要是基于科赫法则对分子间调控关系进行论证，逻辑思路更加深入完整。但基础科研的试剂较贵，对于平台、经费、同学的能力等会有较大要求，且实验结果不稳定导致难以产出，诸多因素导致其论文产出不行。
一方面做细胞实验，细胞实验论证强度较动物实验低，但处理和复杂程度相对较低，所以如果要发表3分+论文，工作量还是比较大的，一般会涉及到多个分子PCR和WB的检测，还有某些表型的检测，跑过WB的都知道还是比较痛苦的。另一方面做动物实验，动物实验体内环境复杂，并且动物的处理也是相对麻烦的，做出数据取决于很多方面的因素。此外长期的进行基础实验，会很消耗实验者的精力和内心期待，所以这样也会导致很多课题的流产、中途放弃，所以纯粹的基础科研我也并不推荐。4、个人认为干湿结合是对本科生较为友好的论文产出思路。
所谓“干”就是不用做实验，通过数据挖掘、处理等方式来探究问题，最为熟知的就是生信分析，基于高通量的数据芯片或者测序数据，揭示基础的分子机制。而“湿”的部分就是要在实验室做实验，各种PCR、WB、免疫组化、流式细胞术、免疫荧光…一篇文章里，干和湿各占一半，可以较好调节数据和实验间的矛盾，课题更容易进行下去。
那可能会有疑问：为什么不只做生信分析呢？
原因就在于纯生信不好直接发表。虽然测序啥的很高大上的样子，但是如果你了解过，测序的数据也是有很多误差，如假阳性的数据；样本本身也会有误差，如组内变异度较大等，常规生信分析只用考虑批次效应等问题，如果往上游深入一些的话，就可能会涉及到对测序数据的质控等。反正诸多因素导致生信分析的结果不一定可靠，往往需要进一步验证，所以目前也流行多种办法联合进行检验，不过最直接的办法还是实验验证。
在不方便进入实验室时可以抽出时间学习生信分析的相关内容，而在能够进行实验时，利用实验验证自己做出的生信分析结果，这样可以很好的利用其不在实验室的时间（如寒暑假），并且湿实验的部分仅是起到验证和增强说服力的作用，所以实验部分压力也不会很大。5、目前干湿结合的形式相对还是比较明朗的。
其实生信火起来也就是这几年的事情，水了很多的文章，甚至感觉现在教生信的比学生信的人还要多，所以有很大烂在手里的纯生信发不出去。如果加了湿实验，情况就大不一样了，录用的概率会明显得到提升，配合细节做到位，达到3+水平问题不是很大。生信研究是多门手艺、多种攒文章的路径，配合上验证性的基础实验，在科研起步阶段发文章的速度无可匹敌，并且含金量并不低。到了研究生复试，老师问你文章，一方面你掌握了基础的数据分析手段，另一方面你也兼顾了常见的基础实验技术，可以说是一个比较均衡的发展。此外由于生信只要保证方法用对的情况下，生信分析的结果在基础实验验证的过程中更加容易得到阳性结果，实验做起来会顺畅许多许多。6、生信部分建议初学者可以走纯套路模式。
生信令人害怕的，很大程度在于它要利用R语言进行数据的分析处理，以及分析方法太过繁多，不知道如何进行取舍，所以初学者可以选择套路去进行干湿结合。目前市面上比较多的就是生信自学网的套路课程，虽然广受诟病，但是他还是列出了一篇纯生信的文章究竟具备了哪些要素，选择一个套路，就不用管其他的，去把套路上的东西全部学会，复现出文章来，可以减少很多的探索和内耗。同时也不用担心套路发不出去，因为你的套路还有相当一部分的实验进行验证，所以是一个比较完整的故事。7、干湿结合对于论文的写作要求较低，新手更容易上手。
传统的基础研究，最最最关键的就是要讲究逻辑思路，通过一步一步的大胆假设和实验验证，再结合推理得到论文最终结果。所以对于文章写作会麻烦很多，要思考如何给别人讲明白我在干啥，并不只是把实验数据的搞出来了就完事大吉。但生信的文章有个特点，虽然广泛全面，论证分子机制，其实说了很多就等于什么都没说。很多的生信文章的图片和图注，以及Result的呈现部分，只用直接说：这是差异基因的KEGG、GO富集分析，这是关键模块的PPI互作网络，这是关键基因的ROC曲线……更多的偏向描述性，而少有逻辑的论述，这样可以减轻很多的写作负担。即使是到了实验部分，也只是我们验证了生信结果，数据一摆+描述基本上就OK了，这样也进一步保证了论文产出的可能性。8、干湿结合的方式使得合作变得更加容易。
两个人可以共同进行一个课题的研究，一个主攻生信、一个主攻基础实验，可以提高产出速度，在进行总结时，两人角色可以互换（甚至再开始一个课题），两人可以互相教学研究过程中学习到的经验和技术，从而达到两人的完全体。我相信这种合作的方式也是先生提出一人一策的初心和出发点，通过个性化配对，充分发挥彼此长处，从而达到互利共赢的目的。9、目前基地内还是较为缺乏生信领头人，这可能会导致干湿结合的方式不太容易实现。
生信领头人的作用并不是手把手的教学生信分析技术，这些东西往上可以很轻易的找到各类资源，甚至直接无脑生信套路即可。个人认为生信领头人的作用在于对大方向的把控，他对于生信的常规分析方法、技术、思路理解较为到位，可以为下面将要开展的干湿结合研究提供一定的答疑和思路的指导，减少走弯路，提高科研产出。此外，生信领头人对于前言的热点的嗅觉较为灵敏，对于新技术、新方法、新思路可以较快的传递到下面同学中去，就如现在的单细胞测序分析和孟德尔随机化的火热一样，可以提高产出效率。但大家都不是单纯的在做生信这件事，所以所谓领头人作用，还得依靠各基地的相互交流，积累经验才可慢慢发展起来。总之，对于当前形式，想要要较好的科研经历证明，干湿结合的论文是一个相对不错的选择，兼顾了操作灵活、课题简易、阳性率高、较易产出更诸多优点，避免了纯生信投不出和基础实验难的窘境，重要的他是含金量也是相对较高的，个人比较推荐本科生采用这种方式进行产出。
以上是个人参与了一些科研，结合实际情况做出的一些个人想法的阐述，提供一个实际经历者的看法。其实类似的观点网络上也有很多，说得会更加详细，在此我仅起到一个抛砖引玉的作用，希望大家都能有理想的科研产出，欢迎讨论和交流。
贵医20级刘宇航
微信：L_hDevin
2023年9月9日星期六
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非常感谢师兄的肯定，我也正尝试着去进行！
师兄说到的肿瘤方面这个问题我考虑到了，不过在这里漏写了，感谢师兄的提示。
补充一下第十点：
10、干湿结合不建议走肿瘤方向，而是非肿瘤方向。
不管搞不搞干湿结合，肿瘤方向我个人认为赛道是相当卷的，原因主要有这几个方面：①肿瘤的可以较为容易的获取临床样本；做一般科研时，我们是不能用人来做实验了，所以常常会采用细胞或者动物模型来代替，再将研究成果小心的回归的临床应用。显然，各种样本的论证强度是人体组织大于体内动物实验，并大于细胞实验的。和其他疾病不一样，实体肿瘤组织恰好就是不好的东西，外科手术切除后，给家属看，一般是保存到医院的样本库中，取自人体证据级别更高，进一步的芯片/测序技术可以更好实现、更准确，且免疫组化等验证性实验更加容易。②同组织一样，肿瘤细胞由于无限增殖的特性，已经构建起诸多成熟的细胞系，验证实验也更加容易，甚至有些论文会利用同一肿瘤的多个不同细胞系交叉验证，实验难度也会上升，且含金量一般。③由于肿瘤的发展的有一定时间的，且恶性程度很高，死亡较多，所以肿瘤病例就会附带很多的临床信息可供挖掘，如预后的影响等，这也会加大数据的复杂程度。而对于非肿瘤来说，样本较少，研究较少，所以只要能找个适合的数据集，就可以拓展挖掘方向，并且非肿瘤是比较宽泛的，就算有人做过做过疾病的生信，那完全可以换个疾病，甚至套一个热点表型的数据集，就是一个新的方向。更何况还有实验进行验证支持，总是能够做得更好。非肿瘤的验证也更加简便，细胞就可以看看有没有现成的细胞系，改变细胞的条件就可以成为模型，就比如人脐静脉内皮细胞，和血管疾病相关的都可以用它验证，加入ox-LDL就是动脉粥样硬化模型，环境改成高氧或者缺氧就是缺血模型，加入过氧化氢就是氧化应激损伤模型。如果没有可用细胞模型建议不要去提取原代细胞做实验（除非实验条件已经摸得很熟）。动物实验验证方面，只需要做出这个动物模型，加以一些处理，就可以获得体重、摄食量、饮水量、排泄量等大体数据；也可获得水迷宫、旷场实验、新物体识别实验等行为学数据；也可获得血糖、血脂、各种酶类及生化代谢等血液方面数据；组织可以进行组织学层面检测，如HE病理切片、免疫组化、免疫荧光、TUNEL染色以及各种特殊染色（类似HE），还可进行常规分子生物学检测。这些数据囊括起来还是相当丰富的，我个人认为对生信结果进行验证是没有问题的。
综上所述，个人更加推荐干湿结合选用非肿瘤方向。
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师弟说的非常到位！这个模式西交生信组中一部分人已经是这么做的了，对于肿瘤方向我们目前的几篇干湿结合的paper投稿还是没有想象中的那么顺利。但的确这个模式是容易上手并且容易整合资源的，后面也能通过设计和叠加较好的提升level。希望师弟可以带领贵医，几个基地之间也多多交流，做大做强！
