【北医】生信分析—HERV作为生物标志物定义肺癌的免疫亚型

[北医-20级-琚研]

研究课题：探究HERV作为生物标志物定义肺癌的免疫亚型
小组成员：琚研，张经纬，邓嘉铭
研究进展：
1） 对于HERV进行较为全面的文献检索，基本了解了HERV的促癌机制和抑癌机制。
2） 熟悉了基于TCGA数据库下载分析的生信代码。

研究感悟：
1） HERV课题为近期热点问题，CNS上的高质量文献较多。但是对于生物标志物方面的课题较少，是可以深挖的课题。
2） 感谢经纬师兄和嘉铭师兄的指导，对于作为生信小白的我起着极其有效的指导作用，事半功倍的效果。
3） 数据库虽多，但总体思路不变。重点在于掌握方法和运用。

[北医-20级-琚研]

#6.4更新
在一遍遍打扰嘉铭师兄之后，成功跑通了免疫浸润的Xcell和CIBERSORT代码，感觉小坑不断。
在师兄指导下筛选了几篇有关TLS的文献，找到了一些潜在的肿瘤标志物。但是当代入计算这些标志物与herv的关系时，发现每个herv的特异性较差，基本属于正态分布。打算下一步改变策略，由检索单个herv与TLS的相关性转为基于染色体内herv的集合与TLS的相关性情况，期望能找到突破口。