常用肿瘤数据库介绍之-cbioportal 在线数据库



  • (代西交930于世博发)
    今天给930学习肿瘤的小伙伴介绍一下很强大的综合性数据库——cBioPortal,是一个不需要注册登录即可免费使用的数据库。学习肿瘤的小伙伴们一定都很熟悉这个数据库了,在各类的生信文章中都可以看到他的踪影。
    cbiopoetal用于多个癌症基因组学数据集的交互式探索。cBioPortal显着降低了复杂基因组数据与癌症研究人员之间的获取障碍,可以促进快速、直观、高质量地获取大规模癌症基因组学项目的分子谱和临床预后相关性,并使研究人员能够将这些丰富的数据集转化为生物学见解和临床应用。

    1. 首先登陆cBioPortal for Cancer Genomics官方网站http://www.cbioportal.org/,界面如下;
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    2. 现以DLBCL为例进行检索,界面的左上角有查询界面和数据下载两大功能,首先选择好研究肿瘤的类型,向右箭头可以对该项目进行全选,勾选不同的数据库会出现不同的“Genomic Profiles”,最后还要输入你想研究的基因;0_1590158012376_7fcc5c6e-9f79-45a3-8e49-edf6dfe07feb-image.png
    3. 可同时输入多个基因名称,以空格隔开即可,系统会检验你输入的基因名称是否正确或者数据是否存在这个基因的表达,出现绿色标签“All gene symbols are valid”,说明你输入基因正确,如0_1590158033008_f7872f8c-8dbe-4df5-a0fd-c586ebe52a19-image.png
    4. 进行分析时建议只勾选一种癌症。0_1590158049883_a8ae2e19-af82-464d-a44e-2213b5909651-image.png
    5. 查询结果如下,myc基因在DLBCL肿瘤病人中的基因改变类型的比例情况;0_1590158066511_f86c4051-997b-45a8-a113-82d6704fc5ba-image.png
    6. 点开“mutations”项,可查看MYC在DLBCL肿瘤病人中的基因突变的具体情况。0_1590158081813_802ab192-15ee-4503-8c0c-e4d3f191487a-image.png
    7. 点开“co-expression”,可查看MYC基因和其他相关基因的共表达分析情况,0_1590158098407_b69d0a04-6547-4289-b14e-0513f226d7c3-image.png
    8. 点开“Survival”,可查看myc基因是否发生突变与病人的OS、DFS的相关性,这个对于研究基因的临床相关性和临床应用有重要的作用;0_1590158113616_ec89044d-4a57-4db1-a9b4-9775dd289f72-image.png
      9.点开“network”,可查看myc基因与该肿瘤中最频繁发生改变的50个基因的调控网络关系;
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      总结:以上几个功能是cbioportal的重要功能,当然还有很多小功能,如查询基因在肿瘤中突变类型的总结分析、点图展示、突变基因的enrichment分析和基因突变数据下载等等,在这里就不一一赘述了,大家如果感兴趣的话,可以先学习一下怎么使用该数据库,在深入挖掘它的功能。